R语言怎么计算转录组中Count, TPM,FPKM
发表于:2024-09-23 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年09月23日,本文小编为大家详细介绍"R语言怎么计算转录组中Count, TPM,FPKM",内容详细,步骤清晰,细节处理妥当,希望这篇"R语言怎么计算转录组中Count, TPM,FPKM"文章能帮助大家解决疑惑
千家信息网最后更新 2024年09月23日R语言怎么计算转录组中Count, TPM,FPKM
本文小编为大家详细介绍"R语言怎么计算转录组中Count, TPM,FPKM",内容详细,步骤清晰,细节处理妥当,希望这篇"R语言怎么计算转录组中Count, TPM,FPKM"文章能帮助大家解决疑惑,下面跟着小编的思路慢慢深入,一起来学习新知识吧。
R 代码如下:
countToTpm <- function(counts, effLen){ rate <- log(counts) - log(effLen) denom <- log(sum(exp(rate))) exp(rate - denom + log(1e6))}countToFpkm <- function(counts, effLen){ N <- sum(counts) exp( log(counts) + log(1e9) - log(effLen) - log(N) )}fpkmToTpm <- function(fpkm){ exp(log(fpkm) - log(sum(fpkm)) + log(1e6))}countToEffCounts <- function(counts, len, effLen){ counts * (len / effLen)}
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